Analisi strutturale di proteine e complessi proteina-ligando
L’ analisi strutturale di proteine e complessi proteina-ligando ha come obiettivi la comprensione dei meccanismi molecolari che rendono le cellule non funzionali quando le malattie colpiscono l’uomo e lo studio di nuove molecole capaci di ripristinarne la funzionalità.
L’attività di ricerca condotta nell’ambito della Biologia Strutturale, attraverso un approccio integrato tra metodi fisici, chimici, biologici e bioinformatici, ha come scopo i) lo sviluppo di nuovi farmaci e l’elucidazione dei meccanismi molecolari necessari per rendere una cellula funzionale e ii) capire come sono regolati questi processi in condizioni patologiche.
A tal fine utilizziamo tecniche di ingegneria genetica per esprimere proteine ricombinanti da E.Coli e metodologie cromatografiche (FPLC) per la purificazione delle stesse. Le proteine purificate vengono cristallizzate e impiegate, da sole o nel complesso con altre proteine o molecole di sintesi, per studi cristallografici effettuati presso le facilities europee dei Sincrotroni. I dati raccolti vengono poi trattati ed analizzati per ottenere dettagli sui meccanismi di funzionamento delle proteine o per l’ottimizzazione delle molecole di sintesi. Nel nostro laboratorio abbiamo un approccio integrato e i dati strutturali vengono completati con indagini complementari come analisi di affinità effettuate attraverso l’uso della Surface Plasmon Resonance, analisi biochimiche e bioinformatiche che hanno lo scopo di ottenere una visione più ampia dei processi studiati. In questo contesto, nell’ambito di progetti finanziati, ci siamo occupati dello studio di molteplici proteine come PPARα, γ e δ, MMP-2, MMP-8, MMP-9, β-catenin, CDK5, AKT1, OXA-48.
– Montanari, R., Capelli, D., Yamamoto, K., Awaishima, H., Nishikata, K., Barendregt, A., Heck, A.J.R., Loiodice, F., Altieri, F., Paiardini, A., Grottesi, A., Pirone, L., Pedone, E., Peiretti, F., Brunel, J.M., Itoh, T., Pochetti, G. Insights into pparγphosphorylation and its inhibition mechanism (2020) Journal of Medicinal Chemistry.
– Peiretti, F., Montanari, R., Capelli, D., Bonardo, B., Colson, C., Amri, E.-Z., Grimaldi, M., Balaguer, P., Ito, K., Roeder, R.G., Pochetti, G., Brunel, J.M. A Novel N-Substituted Valine Derivative with Unique Peroxisome Proliferator-Activated Receptor γbinding Properties and Biological Activities (2020) Journal of Medicinal Chemistry.
– Dalila Boi, Fani Souvalidou, Roberta Montanari, Federica Polverino, Grazia Marini, Davide Capelli, Giorgio Pochetti, Angela Tramonti, Roberto Contestabile, Daniela Trisciuoglio, Patrizia Carpinelli, Camilla Ascanelli, Catherine Lindon, Alessandro De Leo, Michele Saviano, Roberto Di Santo, Roberta Costi, Giulia Guarguaglini, Alessandro Paiardini, PHA-680626 is an Effective Inhibitor of the Interaction between Aurora-A and N-Myc, International Journal of Molecular Sciences (2021).
– Spizzichino S., Boi D., Boumis G., Lucchi R., Liberati F.R., Capelli D., Montanari R., Pochetti G., Piacentini R., Parisi G. Paone A., Rinaldo S., Contestabile., Tramonti A., Paiardini A., Giardina G., Cutruzzolà F., Cytosolic localization and in vitro assembly of human de novo thymidylate synthesis complex (2021) Febs Journal FJ-21-0863.
