Istituto di Cristallografia - CNR

Cristallografia e modellistica computazionale per l’indagine strutturale di macromolecole biologiche

L’attività si propone di ottenere modelli strutturali a risoluzione atomica o quasi-atomica di proteine di interesse medico, farmaceutico e biotecnologico applicando metodologie e tecniche cristallografiche, e di simulare la loro funzionalità attraverso l’applicazione della modellistica computazionale.

Ottenere informazioni sperimentali circa la struttura tridimensionale di macromolecole biologiche è fondamentale per poter comprendere i meccanismi molecolari alla base della loro funzionalità, ed eventualmente per progettare molecole in grado di modificarla.
Sono svolte attività riguardanti:
– la cristallizzazione e la risoluzione strutturale della struttura cristallina di proteine di interesse farmaceutico e bio-tecnologico;
– la caratterizzazione strutturale di proteine tramite microscopia elettronica in condizioni criogeniche e il small-angle X-ray scattering.
– l’applicazione delle più avanzate tecniche di modellistica computazionale per simulare la funzionalità dei modelli strutturali determinati o per predire la struttura di macromolecole biologiche non ancora risolte o di difficile cristallizzazione;
– la ricerca di sinergie tra i metodi cristallografici e la modellistica computazionale, al fine complementare i dati sperimentali per ottenere informazioni strutturali anche nei casi più ostici (proteine flessibili, proteine di membrana etc).
Sono effettuati studi riguardanti l’insorgenza di patologie neurodegenerative, la caratterizzazione di targets per la terapia anti-tumorale, la bioremediation, la fissazione dell’anidride carbonica e la generazione sostenibile di energia.
La potenzialità degli attuali metodi cristallografici è accresciuta mettendo in sinergia misure sperimentali con tecniche computazionali quali la dinamica molecolare, l’analisi di serie temporali e l’analisi multivariata.

Lavori di riferimento

– Introducing protein crystallization in hydrated deep eutectic solvents
BD Belviso, FM Perna, B Carrozzini, M Trotta, V Capriati, R Caliandro (2021) ACS Sustainable Chemistry & Engineering 9 (25), 8435-8449

– Three-dimensional structure of human cyclooxygenase (hCOX)-1
M Miciaccia, BD Belviso, M Iaselli, G Cingolani, S Ferorelli, M Cappellari, P. Loguercio Polosa, M. G. Perrone, R. Caliandro, A. Scilimati (2021) Scientific reports 11 (1), 1-18

– Mechanistic and structural basis for inhibition of copper trafficking by platinum anticancer drugs
A Lasorsa, MI Nardella, A Rosato, V Mirabelli, R Caliandro, R Caliandro, G. Natile, F. Arnesano (2019) Journal of the American Chemical Society 141 (30), 12109-12120

– Local fluctuations and conformational transitions in proteins
R Caliandro, G Rossetti, P Carloni (2012) Journal of Chemical Theory and Computation 8 (11), 4775-4785