Sir2019
Sir2019 è la versione aggiornata di Sir2014, un software ampiamente utilizzato per la soluzione automatica di strutture di piccole, medie e grandi dimensioni (proteine o acidi nucleici), utilizzando dati di diffrazione (raggi X o di elettroni) da cristallo singolo. Include diversi algoritmi per la fasazione e molte nuove funzionalità (descritte nell’help del programma).
Approcci di fasazione Ab initio:
• Modern Direct Methods (MDM)
• Standard Direct Methods (SDM)
• Vive la Difference (VLD)
• Patterson pipeline (dall’applicazione delle tecniche Patterson all’Automated Model Building)
Approcci di fasazione non Ab initio:
• Simulated Annealing (per piccole molecule)
• Una nuova pipeline per il Molecular Replacement (dall’applicazione del MR all’Automated Model Building)
• Una nuova pipeline per il trattamento dei dati SAD/MAD (dall’applicazione del metodo SAD/MAD all’Automated Model Building)
Il programma contiene strumenti per l’affinamento della struttura cristallina e per lo studio di mappe tridimensionali di densità elettronica tramite il software JAV, un nuovo visualizzatore 3D integrato.
Sir2019 è gratuito per gli istituti di ricerca accademici e senza scopo di lucro; gli utenti commerciali sono invece soggetti al pagamento della licenza d’uso.
Per scaricare il software, agli utenti accademici e no profit devono effettuare la registrazione ed accettare quanto esplicitamente riportato nel contratto di licenza per uso accademico. Gli utenti successivamente riceveranno una email di conferma con le istruzioni per effettuare il login e scaricare il software selezionato.
Gli utenti commerciali devono compilare il modulo d’ordine e inviarlo tramite email o fax all’amministrazione IC, insieme a una copia firmata del contratto di licenza per uso commerciale. In seguito gli utenti riceveranno (via email) tutte le istruzioni per completare la registrazione.
La licenza copre l’uso del software per tutti i sistemi operativi supportati (nessuna limitazione di tempo o numero di computer).
Gli utenti registrati possono scaricare gratuitamente qui l’ultima versione di Sir2019 per i principali sistemi operativi: MS Windows, Linux e Mac OS X.
Gli utenti registrati possono inoltre scaricare gratuitamente le versioni precedenti di Sir (p.es. Sir97, Sir2014), per uso non commerciale (sezione OldSoftware); tuttavia, il loro utilizzo è fortemente sconsigliato a causa del continuo miglioramento e dell’implementazione di nuove funzionalità nella versione più recente del software.
AMBITI DI RICERCA
KEYWORDS
Burla M.C., Caliandro R., Carrozzini B., Cascarano G.L., Cuocci C., Giacovazzo C., Mallamo M., Mazzone A, and Polidori G.
Crystal structure determination and refinement via SIR2014
J. Appl. Crystallog. (2015). 48, 306–309; doi:10.1107/S1600576715001132
Sir2014/19 è stato applicato e citato in:
Yu Z., Wang H., Kong X. et al. “Molecular design for electrolyte solvents enabling energy-dense and long-cycling lithium metal batteries” (2020) Nat. Energy, 5, 526–533. doi:10.1038/s41560-020-0634-5
Zou Z., Habraken W.J.E.M., Matveeva G., Jensen A.C.S. et al. “A hydrated crystalline calcium carbonate phase: Calcium carbonate hemihydrate” (2019) Science, 363, 396-400. doi: 10.1126/science.aav0210. PMID: 30679371.
Shen Y., Mevius D.E.H.F. Caliandro R. et al. “Set7 Is a H3K37 Methyltransferase in Schizosaccharomyces pombe and Is Required for Proper Gametogenesis” (2019) Structure, 27, 631-638. doi:10.1016/j.str.2019.01.011
Mooers, B.H. “Direct-methods structure determination of a trypanosome RNA-editing substrate fragment with translational pseudosymmetry” (2016) Acta Crystallogr. D72, 477-487. doi:10.1107/S2059798316001224
Venugopala K., Rao D., Bhandary S. et al. “Design, synthesis, and characterization of (1-(4-aryl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl, substituted phenyl-6-methyl-2-oxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidine-5-carboxylates against Mycobacterium tuberculosis”. (2016) Drug Des. Devel. Ther., 10, 2681-2690. doi:10.2147/DDDT.S109760
