Studi di dinamica molecolare di proteine
Simulazioni di dinamica molecolare di macromolecole biologiche per:
i) lo studio delle loro proprietà dinamiche;
ii) l’identificazione dell’effetto conformazionale/funzionale di mutazioni puntuali responsabili di patologie genetiche.
L’attività di ricerca si pone come obiettivo quello di applicare una tecnica computazionale chiamata dinamica molecolare a proteine di particolare interesse farmacologico/farmaceutico. La tecnica consente di ottenere informazioni sul comportamento dinamico delle proteine studiate, completando quindi la visione statica fornita dal modello 3D di partenza ottenuto mediante cristallografia ai raggi X, risonanza magnetica nucleare o microscopia crioelettronica
– Delre, P., Alberga, D., Gijsbers, A., Sánchez-Puig, N., Nicolotti, O., Saviano, M., Siliqi, D., Mangiatordi, G.F. Exploring the role of elongation Factor-Like 1 (EFL1) in Shwachman-Diamond syndrome through molecular dynamics (2020) Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 38 (17), pp. 5219-5229.
– Macchia, E., Manoli, K., Holzer, B., Di Franco, C., Ghittorelli, M., Torricelli, F., Alberga, D., Mangiatordi, G.F., Palazzo, G., Scamarcio, G., Torsi, L. Single-molecule detection with a millimetre-sized transistor (2018) Nature Communications, 9 (1), art. no. 3223.
– Mangiatordi, G.F., Alberga, D., Pisani, L., Gadaleta, D., Trisciuzzi, D., Farina, R., Carotti, A., Lattanzi, G., Catto, M., Nicolotti, O. A rational approach to elucidate human monoamine oxidase molecular selectivity (2017) European Journal of Pharmaceutical Sciences, 101, pp. 90-99.
– Alberga, D., Nicolotti, O., Lattanzi, G., Nicchia, G.P., Frigeri, A., Pisani, F., Benfenati, V., Mangiatordi, G.F. A new gating site in human aquaporin-4: Insights from molecular dynamics simulations (2014) Biochimica et Biophysica Acta – Biomembranes, 1838 (12), pp. 3052-3060.
