Il Milione
Il Milione è una suite di programmi dedicati alla determinazione della struttura delle proteine mediante cristallografia a raggi X. Il software include anche il Sir2014, per la soluzione e l’affinamento di strutture di piccole molecole da dati di diffrazione da cristallo singolo.
Il Milione può essere utilizzato per:
Fasazione Ab initio (Metodi Diretti o tecniche Patterson)
Il programma è in grado di risolvere strutture di macromolecole (max. 6000 atomi non H nell’unità asimmetrica), su dati di diffrazione RX a risoluzione atomica o quasi-atomica (1.4–1.5Å).
Tecniche MAD/SAD, MIR/SIR, MIRAS/SIRAS
Sostituzione isomorfa singola o multipla, diffusione anomala a lunghezza d’onda singola o multipla e sostituzione isomorfa singola o multipla con tecniche di diffusione anomala. Nel primo step il programma trova la sub-struttura degli atomi pesanti/scatteratori anomali, quindi usa automaticamente le informazioni ottenute per mettere fasare i riflessi della intera proteina. L’estensione e l’affinamento delle fasi sono eseguiti mediante tecniche di modifica della densità elettronica (EDM).
Molecular Replacement
Metodi dello spazio reciproco sono utilizzati per trovare l’orientazione e la posizione delle molecole proteiche. L’estensione e l’affinamento delle fasi sono eseguiti mediante tecniche EDM.
Tutti i programmi integrati in Il Milione sono gestiti tramite un’interfaccia grafica di facile utilizzo, che permette di inserire dati e monitorare i risultati (intermedi e finali) tramite messaggi, diagrammi e istogrammi aggiornati in tempo reale.
AMBITI DI RICERCA
KEYWORDS
Burla M.C., Caliandro R., Camalli M., Carrozzini B., Cascarano G.L., De Caro L., Giacovazzo C., Polidori G., Siliqi D. and Spagna R.
Il Milione: a suite of computer programs for crystal structure solution of proteins
J. Appl. Crystallog. (2007). 40, 609-613. doi: 10.1107/S0021889807010941
Il Milione è stato applicato e citato in:
Belviso B.D., Galliani A., Lasorsa A. et al. “Oxaliplatin Binding to Human Copper Chaperone Atox1 and Protein Dimerization” (2016) Inorg. Chem., 55, 6563-6573 doi: 10.1021/acs.inorgchem.6b00750
Belviso B.D., Caliandro R., Siliqi D. et al. “Structure of matrix metalloproteinase-3 with a platinum-based inhibitor” (2013) Chem. Commun., 49, 5492-5494 doi: 10.1039/c3cc41278d
Mugnaioli E., Andrusenko I., Schüler T. et al. “Ab Initio structure determination of vaterite by automated electron diffraction” (2012) Angew. Chem. Int. Ed. 51, 7041-7045. doi: 10.1002/anie.201200845.
Arnesano F., Belviso B.D., Caliandro R. et al. “Crystallographic analysis of metal-ion binding to human ubiquitin” (2011) Chemistry, 17, 1569-1578 doi: 10.1002/chem.201001617
Ruggiero A., Chambery A., Di Maro A. et al. “Atomic resolution (1.1 A) structure of the ribosome-inactivating protein PD-L4 from Phytolacca dioica L. leaves” (2008) Proteins, 71, 8-15 doi:10.1002/prot.21712
